Los fondos custodiados en el Museo de América, están constituidos por las antiguas colecciones de Arqueología y Etnografía Americana del Museo Arqueológico Nacional y que habían antes pertenecido al Museo de Ciencias Naturales, así como por las donaciones, depósitos y adquisiciones de nuevas obras. Su temática abarca un dilatado período que va desde la Prehistoria americana hasta la actualidad, con especial énfasis en la arqueología precolombina, la etnografía y el arte colonial.